Есть ли в России, помимо Питера и Москвы ,города с несколькими вокзалами ?

Есть.
Во монгих среднего размера городах есть по нескольку станций, с которых осуществляется отправление пассажирских поездов дальнего следования.
Например:
Брянск-Северный, Брянск-Орловский, Брянск-Льговский.
Тула-1 Курская (Московский вокзал) и Тула-3 (Ряжский вокзал) . Была еще Тула-Лихвинская - начальная станция узкоколейной ЖД, уничтоженной в последние 20 лет.
Рязань-1 и Рязань-2.
Калуга-2 (на магистральной линии Москва-Брянск, в стороне от города) и Калуга-1 (в самом городе, зато на полусонной железной дороге Вязьма-Алексин) .
И масса других!
Но две столицы - Петербург и Москва - были с самого начала крупнейшими ЖД узлами Российской Империи.