Центрифугирование позволяет разделить смесь, состоящую из двух или более компонентов с разной удельной плотностью, если по крайней мере один из этих компонентов — жидкость.
Разделение веществ с помощью центрифугирования основано на разном поведении частиц в центробежном поле. В центробежном поле частицы, имеющие разную плотность, форму или размеры, осаждаются с разной скоростью.
Более тяжелые компоненты коллоидного раствора или геля под действием центробежной силы скапливаются на периферии центрифуги, где и собираются. Так отделяют сливки от молока, белки из растворов, эритроциты отделяют от плазмы крови...

Обычно, для того чтобы определить функцию той или иной органеллы, нужно отделить данную органеллу от других клеточных компонентов и заставить ее выполнять эту функцию in vitro. Для этого клетки разрушают (гомогенизируют) , поместив их в подходящую среду (с надлежащим рН, ионным составом и температурой) .
Проделать это можно с помощью обычного миксера. Полученную смесь подвергают центрифугированию. Чем больше число оборотов центрифуги, тем более мелкие частицы осаждаются. Центрифугирование проводят в несколько приемов, постепенно увеличивая скорость.
После каждого центрифугирования надосадочную жидкость отделяют от осадка, чтобы вновь подвергнуть ее центрифугированию. Каждый последующий осадок содержит все более мелкие органеллы. Такая методика известна как дифференциальное центрифугирование. Для достижения высоких скоростей требуется особая центрифуга, ее называют ультрацентрифугой.