Можно ручкой. Про вид ручки в правилах ничего не сказано
27. Заявление заполняется при помощи средств электронно-вычислительной техники или от руки разборчиво (печатными буквами) чернилами черного или синего цвета. Не допускается исправление ошибок путем зачеркивания и с помощью корректирующих средств.