В какой прграмме делают анимешные amw клипы? Не считая Windows Movie Maker

sony vegas

Да в любых видеоредакторах, Adobe Premiere Pro, Sony Vegas, Adobe After Effects, Pinnacle Studio..
Я лично пользуюсь Вегасом, если иметь терпение и изучить его, то можно делать офигительные аниме-клипы)
И вообще в освоении каждой программы нужно иметь кучу терпения, это не хухры-мухры, а серьёзная весчь.