Илюша. Вот какое объяснение я нашла в Интернете:
"Ю - сложный звук, состоящий из Й, который смягчает предыдущий Л, и У, который по-сути и слышится. А в имени Илья мягкий знак выполняет разделительную функцию наряду со смягчяющей, т. е. мы произносим ИЛ'ЙА (Л' с апострофом - мягкий звук) , но ИЛ'УША. А Ильюша прочтось бы как ИЛ'ЙУША"
Смотрите здесь:
http://www.babyblog.ru/community/post/naming/694867