отличие понятий "комплементарность" и "комплиментарность"?

"комплИментарный" от слова "комплимент". Любезные, приятные слова, лестный отзыв. Русское "комплимент" - от немецкого Kompliment, которое, в свою очередь, от французского compliment. Соответственно, "комплиментарный" - это попросту являющийся комплиментом, содержащий комплименты.
"комплЕмент" - опять-таки от немецкого слова Komplement. В немецкий - из французского, а туда - из латыни. Латинское complementum - дополнение. Комплемент - это специальный термин в химии и физиологии, обозначающий белковое вещество, которое содержится в сыворотке крови.
Комплиментарность - хвалебность, лестность;
Комплементарность в химии, молекулярной биологии и генетике — взаимное соответствие молекул биополимеров или их фрагментов, обеспечивающее образование связей между пространственно взаимодополняющими (комплементарными) фрагментами молекул или их структурных фрагментов вследствие супрамолекулярных взаимодействий.