virtual dub лучший выбор
http://www.virtualdub.org/index открываешь файл ставишь метку Mark in (или edit - set selection start) в начале отрезаемого фрагмента, mark out (или edit - set selection end)в конце, edit- cut - вырезаешь этот выделенный фрагмент.
дальше файл - сохранить file - save as avi
перед сохранением выбрать в меню video и audio - direct stream copy