А что будет, если ипользовать аккумаляторы - батареи разной ёмкости?

Смотря как они подключаются. Аккумуляторы разной ёмкости нельзя подключать последовательно, рекомендуется даже при последовательном подключении использовать однотипные аккумуляторы одного завода и одной партии. При параллельном подключении для аккумулятора меньшей ёмкости опасно превышение максимально допустимых зарядного и разрядного токов, так что в крайнем случае приходится ставить согласующий резистор, ограничивающий максимальный ток аккумулятора меньшей емкости, что снижает эффективность его использования, так как на резисторе теряется часть энергии. Но всё это для больших токов разряда и зарядки, при параллельном соединении на фотоаппарате и в зарядном устройстве они вряд ли будут превышены, да и разница в емкости аккумуляторов в данном случае невелика. Последовательное соединение разных аккумуляторов при разряде и зарядке недопустимо, так как аккумулятор, имеющий большее внутреннее сопротивление, разряжается когда другой аккумулятор ещё не разряжен, возможен полный его разряд, который портит аккумулятор, а при зарядке перезаряжается, быстро теряет емкость и выходит из строя.