Вчера замесил тесто, положил в холодильник, а сегодня оно потемнело. Почему и это нормально?

Я тесто заворачиваю в пищевую плену, можно вместе с миской или тарелкой... Все нормально.... Может у Вас оно подсыхает??? Или в нем должен быть какой то ингридиент меняющий цвет при контакте с воздухом... Но я что то такого не придумаю.... (разве, что яблоки)
Сама, если остается тесто для пиццы, храню в пленке и в морозильнике. (можно даже несколько дней).. Все нормально. Правда свежеее все равно лучше.

может так верхний слой подсох или картоф. крахмал добавляли. смотря из чего тесто.. . да

Такое бывает. Мука хоть и вся высшего сорта, а у разных производителей, да и в разных партиях у одного производителя, может обладать разными свойствами. Возможно вам как раз попалась с повышенным содержанием каких-нить каротиноидов или еще чего.. . не пугайтесь, на качестве это обычно не сказывается, тем более на домашней кухне на такое вообще можно не обращать внимание.

Грибы поселились, развелись. Это не опасно.

нет, думаю, что это процесс окисления.. произошёл, в тесте был кефир, одно яйцо и сода с мукой!!