AHCI лучше - есть пожддержка NCQ, hot swap.
IDE не имеет таких плюшек и может быть несколько медленней.
WINDOWS XP ничего не знает про AHCI! После переключения контроллера в этот режим винда будет уходить в синьку.
Требуется интеграция драйвера в дистрибутив и переустановка при активированном AHCI режиме. Можно попробовать установить драйвер в уже существующую инсталляцию (до переключения в AHCI), но нет гарантии, что винда успешно "переключится" на "новый" контроллёр - возможны глюки, сползания букв разделов или синька.
http://ru.wikipedia.org/wiki/AHCI