У авиационной технике существуют сложные навигационные системы и многократный контроль за маршрутом. Особенно это важно становится при движение самолёта в районе крупного авиационного узла (Москва, Санкт-Петербург, Иркутск) так как информацию о его траектории, высоте и скорости должны иметь диспетчера, которые контролирую с земли передвижение всех самолётов в районе этого узла. Требуется это для минимизации возможностей столкновений, то есть исключительно в целях безопасности. Кроме различного навигационного оборудования существует так-же автопилот, который основываясь на заранее заданном маршруте и информации с навигационных систем будет выдерживать заданные параметры полёта. К сожалению в рамках коротенького ответа на этот вопрос нельзя рассказать обо всём, но я думаю, что поискав на Яндексе или в Википедии информацию о навигационных системах Вы заполните большую часть данного пробела. Так-же над тайгой полёт конечно не лёгок, но она имеет всё-же рельеф, то есть некоторые возвышенности, впадины и самое главное линейные объекты (реки, ж. д. дороги, автомобильные дороги) эти объекты отлично видно с высоты и их взаимное расположение может много рассказать о местоположении самолёта, естественно для этого надо обладать определённым опытом и лететь по этому маршруту не в первый раз, либо иметь некую теоретическую подготовку перед вылетом. Данными вещами в гражданской авиации раньше занимался специально обученный член экипажа - штурман.
Опытный лётчик имеет представление о пути миграции таёжных белок, за поведением которых он внимательно наблюдаёт с высоты и делает корректировки маршрута.
На самом деле путь из Москвы в Японию лежит через аэропорт Дубаи: лететь рейсами компании Emirates из Домодедова в Дубаи и оттуда в Японию (то есть с пересадкой) существенно дешевле, чем прямым рейсом Аэрофлота. Насчёт же Вашего вопроса - ручное управление самолётом применяется только при взлёте и посадке и при аварийных ситуациях. В штатном режиме - лётчики в управлении самолётом на курсе участия не принимают. Такова ситуация уже не один десяток лет.