Как убрать запуск программы из командной строки при запуске (включении компа) подскажите пожалуйста?

скачайте starter и там уберите

Total Commander, там автозапуск программ будет в панели инструментов, вот через него. Галочку убираете на программе, которую не нужно, чоб запускалась при загрузке операционной системы) Удобно)

Есть программы которые делают это и не только. Например TotalCom (Тотал Командер) . Вообще-то аська должна отключаться непосредственно в программе. Но, если надо одно средство для всего, то TotalCom подойдет. Весит, примерно, около 15 Мбайт. Найти можно в инете, бесплатно.

Их удаляют из автозагрузки, при чём тут ком. строка.

Не очень понял, почему из командной это надо делать. Стандартный способ
Пуск--Выполнить--msconfig--Автозагрузка
Но, если надо именно серез бат файл - есть команда работы с реестром (Reg /?) ну и собственно сами ключи (runonce).. Узнать по regedit, например