Первым ввел такую классификацию Карл Линней, поэтому от него так и пошло.
Линней заложил основы современной биноминальной (бинарной) номенклатуры, введя в практику систематики так называемые nomina trivialia, которые позже стали использоваться в качестве видовых эпитетов в биноминальных названиях живых организмов. Введённый Линнеем метод формирования научного названия для каждого из видов используется до сих пор (применявшиеся ранее длинные названия, состоящие из большого количества слов, давали описание видов, но не были строго формализованы) . Использование латинского названия из двух слов — название рода, затем специфичное имя — позволило отделить номенклатуру от таксономии.
Карл Линней является автором наиболее удачной искусственной классификации растений и животных, ставшей базисом для научной классификации живых организмов. Он делил природный мир на три «царства» : минеральное, растительное и животное, использовав четыре уровня («ранга») : классы, отряды, роды и виды.
Латынь была на тот момент международным языком, поэтому он, естественно, выбрал именно латинские названия.
http://ru.wikipedia.org/wiki/Линней, _Карл