Adobe After Effects, вопрос про видео кодеки.

Смотря для каких целей. Если видео не потребует в дальнейшем обработки и видеомонтажа, то H264, если будешь с ним в дальнейшем работать - то логично бы экспортировать с кодеком исходного видео. Если просто для просмотра хочешь сжать, то стандартный DV PAL или если это HD качество, то Prores 422 хорошо справляется с этой задачей!))