Принимает ли УФРС на регистрацию, если например, нарушена планировка ( незаконно построена лоджия)?

Нужно Устранить перепланировку или её узаконить. Вызывайте БТИ, оплачивайте их услуги и ждите. Очень муторно.

ПИП - это орган технической инвентаризации? Не знаю как в Вашем городе. Последний раз, в марте этого года, регистрировал сделку купли-продажи квартиры в Москве, справки БТИ даже смотреть не стали, вернули их назад и право собственности зарегистрировали без них. Уточните этот вопрос в органах гос. регистрации своего города.
Ранее, право собственности на квартиру с не узаконенной перепланировкой регистрировали, но ответственность за нее уже переходила к новому собственнику. Это указывалось в договоре купли-продажи, о том, что покупатель о перепланеровке знает и обязуется сам ее узаконить и т. п.