Чем конвертировать mov в avi с сохранением альфа канала и чтобы пиннакль его видел?

На данный момент существует достаточное количество видеокодеков, позволяющих сохранять информацию об альфа-канале при использовании контейнера avi. Однако бОльшая часть из них является либо аппаратно- либо программно-ориентированными. То есть, использовать такой кодек можно либо имея соответствующее оборудование, либо установив определенную программу (например, установка Edius'а добавит вам несколько кодеков, которые будут доступны не только в этой программе, но и, например, в adobe after effects). Недостатком является то, что на другом компьютере, где не установлена соотв. программа или оборудование, данный видеофайл не прочтется.
Самым простым способом является использование универсального формата Uncompressed avi (avi без компрессии) . Единственным недостатком его является, конечно, большой размер выходного файла. Поэтому, если вам нужно перевести футаж из .mov в .avi, что совершенно правильно при работе на платформе windows, то просто задавайте на выходе Uncompressed avi и не забудьте в опциях указать RGB+Alfa (терминология для Adobe After Effects).
Также никто не отменял работу с сиквенциями, то есть последовательностями отдельных файлов формата tga или png. Последний хорош еще тем, что кроме альфа-канала позволяет сохранять и информацию так наз. z-буфера (расположению объектов по оси Z, направленной от наблюдателя в перспективу) . Это позволяет передавать сцены из 3D программ на последующую обработку и сведение с использованием таких эффектов, как туман или блюр в зависимости от удаленности объекта.