Любым видео-редактором. Из простеньких бесплатных н-р VirtualDub может.
http://www.virtualdub.org Формат целиком и полностью зависит от того что Вы хотите добиться. DVD видео (vob), mp4 или avi с DivX/MP3 их большинство устройств понимает.
Если хотите хранить две дорожки - стоит посмотреть в сторону mkv - но его далеко не все понимают.
Какие проги это делают? Как? И какой формат видео должен быть?
Помогиите пожалуйста!