Как разделить доход от разных видов деятельности, на р\с, если одна подпадает под ЕНВД, а другая под УСН?

Как, очень просто, вести раздельный учет по этим видам деятельности. Каких либо законодательных требований к раздельному учету не предъявляется, так что можете придумывать как хотите. Сдаете недвижимость, соответственно договор, если платежи через р/с, то назначение платежа в платежке будет прописано, за аренду. Это и учитываете при УСН. Можете вести отдельную книгу учета доходов по УСН. Главное что бы доходы отражались. С расходами при раздельном учете сложнее.