Отрицательный остаток по дебету счета 50 в журнале-ордере в программе 1С. В чем причина может быть?

Где-то ошибка. Переданы средства со счета. Такого не должно быть. Или даты перепутаны. Смотрите анализ счета по датам и ищите в каком дне ошибка и в чем.

выручку не оприходовали (не провели ПКО в этот день)

может расход задвоился? ? например сделали расходник (взнос наличных в банк) , а потом эта же проводка из банка экспортнулась вместе со всеми остальными.

сделали расход денег которых нет. . проверьте. . сделайте карточку счета 50,1 за период по дням (около даты увидите можн овыбрать по дням. . и просомтрите за каждый день движение по кассе. . так и выевите причину..

Израсходовали больше денег, чем было.
Какое поступление денег не провели? Откуда взялись деньги?

Ведомость на з/пл прошла дважды - один раз сама ведомость провелась, второй раз - расходник, который к ней прилагали