Это от разного представления инсталляторов Линуха и Виндовса о "правильности" Главной (Основной) Загрузочной Записи - Master Boot Record (MBR). Но если Линух переписывает МБР, то Виндовс считает, что она должна быть "правильной" по умолчанию.
fdisk /mbr (или fdisk \mbr - не помню точно) возможно спасёт отца русской демократии. :)
P. S.: Если не спасет - тебе
[ссылка заблокирована по решению администрации проекта].