Скорее всего загружаются, таки, разные ОС. Одна с С, другая с F. Если же F вы форматировали, то стоит выполнить такую операцию:
Пуск, выполнить, msconfig
Вкладка boot.ini
Кнопка проверить все загрузки. Если на втором диске нет ОС, то появится сообщение с подтверждением на удаление строки. Соглашаемся и двух строк не будет больше.
Если метод не помог, то нужно редактировать файл с загрузочными записями вручную. Подробнее на почту пишите.