В чем основная разница между MySQL и Microsoft SQL?

Скула это язык, а Мускул это база!!!

Разница в компаниях, в производительности, в архитектуре, в лицензировании. Вот собственно и все =)

MySQL — свободная система управления базами данных (СУБД) . MySQL является собственностью компании Oracle Corporation, получившей её вместе с поглощённой Sun Microsystems, осуществляющей разработку и поддержку приложения. Распространяется под GNU General Public License или под собственной коммерческой лицензией. Помимо этого разработчики создают функциональность по заказу лицензионных пользователей, именно благодаря такому заказу почти в самых ранних версиях появился механизм репликации.

Microsoft SQL Server — система управления реляционными базами данных (СУБД) , разработанная корпорацией Microsoft. Основной используемый язык запросов — Transact-SQL, создан совместно Microsoft и Sybase. Transact-SQL является реализацией стандарта ANSI/ISO по структурированному языку запросов (SQL) с расширениями. Используется для работы с базами данных размером от персональных до крупных баз данных масштаба предприятия; конкурирует с другими СУБД в этом сегменте рынка.

Первый используют все, второй только некоторые.

MsSQL - Является платным и рвботает под Windows
MySQL - Распростроняется свободно. Работает под *nix и Windows. Часто используется на web-хостингах