Чем отличается штамп от штемпеля? В значении "оттиск".

Штамп, штемпель - это одно и то же. Это такое приспособление для того, чтобы оставлять на бумаге определенный текст, надпись, отметки, изображение и т. п. То, что остается на бумаге, называется оттиск.
В определенных случаях они могут быть реквизитами официальных документов.
Обычно употребляют слово "штамп". Употребление слова "штемпель" я знаю только в одном случае: "календарный почтовый штемпель"...круглый такой, с датой в середине, ставится на почтовых отправлениях.

Штемпель - это название почтового сопроводительного штампа.