Огромная разница. Если программу тупо удалить в корзину, то файлы программы исчезнут, НО останутся все записи в системном реестре (чем больше реестр, тем медленнее работает компьютер, именно поэтому когда у вас только что установленная система - комп летает, а с течением времени становится медленнее - пропорционально росту установленых программ в системе) . Именно поэтому и нужен деинсталятор, который удаляет не только файлы программы, НО и все записи в реестре связанные с удаляемой программой.
Вот здесь классно написано про реестр
Обязательно прочитайте!