Ну что делать. . что делать - почитайте )
http://forums.adobe.com/thread/384783?start=100&tstart=0 Возможно проще будет перекодировать во что то иное (например MT2S).
Кто то пишет, что помогло простое переименование в avi (сомневаюсь в этом сильно) . Но, как и сказали, это контейнер - все еще сильно зависит и от того, какой кодек использован для сжатия данных.
Коммерческие продукты, тем более профессиональные, не очень любят разнообразие форматов.
Возможно поможет AviSynth, но по ссылке выше писали, что премьер не поддерживает его. . Может в последних версиях сработает.
ps: и Matroska разработан не в России. Steve Lhomme вообще во Франции живет.