Есть флора и фауна, а подводный мир как называется?

он так и называется подводным миром! а вот рыбы это фауна- растения флора !

Подводный мир с подводной флорой и подводной фауной.

так же, только с прилагательным "подводные" =)))
...ну или - "морские организмы"

понятие флоры и фауны уже включает в себя все организмы растительного и животного мира, водная среда не исключение.
По критерию внешних условий их, разве что, можно назвать например: флора или фауна морей и океанов, рек, озер и т. д.

с приставкой гидро или аква

Аква☝️