что происходит с атомом вещества при нагреве ? например с атомом водорода. изменяется орбита электрона или еще что.

С отдельным атомом ничего не происходит.
Нет понятия горячий атом и холодный атом.
Такие понятия, как температура, нагрев, охлаждение относятся не к отдельному атому, а к веществу, то есть это характеристика коллектива атомов.
Поэтому при нагревании газа водорода, атомы какими были сами по себе, такими же и остаются. А меняются их коллективные характеристики. Например, увеличивается их средняя скорость движения ОТНОСИТЕЛЬНО друг друга или, например, увеличивается среднее расстояние между ними. Если имеем дело с молекулярным водородом, то увеличивается амплитуда колебаний атомов в молекуле и скорость вращения атомов относительно центра масс молекулы.
При очень большом нагреве молекулы могут разорваться на отдельные атомы. Но это уже нужны температуры, как на Солнце.