РЕ дает больше информации, больше возможностей (убить дерево процессов, например) . Для рядового пользователя - разницы нет. У меня РЕ стоит как замена стандартному Диспетчеру.
К Process Explorer лучше всего относиться, как к мощной замене Диспетчера задач Windows. Она позволяет увидеть сразу все процессы, выполняющиеся в системе, с очень подробной информацией о них, причем неважно, чьи процессы, — ваши или других вошедших в систему пользователей (в случае использования возможностей быстрого переключения пользователей или удаленного рабочего стола служб терминалов).