Почему имя Гена пишется с одной буквой Н, а ГеННадий с двумя?

Гена-крокодил, а Геннадий -человек.

Ответ про суффикс это какой-то высер. Лишь бы брякнуть. Геннадий пишется с двумя Н, потому что в таком виде это имя заимствовано из греческого и до сих пор в греческом так пишется. Образование гипокористических форм (Гена) далеко не всегда подчиняется словообразовательным моделям, так что словообразование тут тоже не при чём. Почему в Гене одна Н? Да потому что так удобно людям называть Геннадиев.

А почему в слове "Женя" есть буква "Ж, " а в слове "Евгений" нет?

Однако возможно такое исключение как Генадий Иосифович Шмаль, один из создателей нефтегазового комплекса в Западной Сибири.