Место рождения в паспорте и в свидетельстве о рождении разное

Работники пенсионного фонда абсолютно НЕ ПРАВЫ!
Ткните их мордой в Административный регламент Федеральной миграционной службы по предоставлению государственной услуги по выдаче, замене и по исполнению государственной функции по учету паспортов гражданина Российской Федерации, удостоверяющих личность гражданина Российской Федерации на территории Российской Федерации (с изменениями от 12 июля, 28 октября 2011 г. ) :

46.6. В реквизите "Место рождения" записи производятся в соответствии с записями, произведенными в свидетельстве о рождении или паспорте, подлежащем замене. В случае разночтений записей, произведенных в свидетельстве о рождении и паспорте, подлежащем замене, в оформляемом паспорте записи в реквизите "Место рождения" производятся в соответствии с записями, произведенными в свидетельстве о рождении.
ПРИ ЭТОМ УКАЗЫВАЮТСЯ В ОТНОШЕНИИ ГРАЖДАН, РОДИВШИХСЯ: В СТОЛИЦЕ СУБЪЕКТА РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ - ТОЛЬКО НАИМЕНОВАНИЕ ГОРОДА; в других городах - наименование города и субъекта Российской Федерации; в остальных населенных пунктах - наименование населенного пункта, района, субъекта Российской Федерации.
В отношении граждан, родившихся за пределами территории Российской Федерации, записи в реквизите "Место рождения" производятся в соответствии с записями, произведенными в свидетельстве о рождении, паспорте, подлежащем замене, или национальных документах, удостоверяющих их личность. В случае разночтений записей, произведенных в свидетельстве о рождении, паспорте, подлежащем замене, или национальных документах, удостоверяющих личность, в оформляемом паспорте записи в реквизите "Место рождения" производятся в соответствии с записями, произведенными в свидетельстве о рождении.

К Вашему случаю относится 2-й абзац данного пункта.
Владивосток является столицей Приморского края, поэтому в паспорте наименование края не пишется.

P.s. За разъяснениями надо было обращаться не в паспортный стол, а в свое подразделение УФМС.

P.p.s Для PAWKA.
Вы правы только в одном: необходимо собрать нервы в кулак и начать учить чиновиков Пенсионного фонда соблюдать Законодательство Российской Федерации, а не выдумывать всяческие препятствия, мешающие гражданину спокойно получить причитающуюся ему пенсию.