В чем разница между what are you doing? and what you doing?

Разницы нет.
What are you doing - это грамматически правильная конструкция. В разговорной же речи слова имеют свойства быть связанными и зачастую такие вещи как are просто опускается или же произносится очень быстро и незаметно - все зависит от того, на какое слово делает ударение говорящий (что он хочет выделить) .
Варианты:
What you doing?
Whatchu doing?
Whatcha doing?

Очевидно, что в таком контексте говорящего интересует именно действие, а не тот, факт, что делаешь его ты, тогда бы are опустить не возможно было.
Отмечу, что в популярном сейчас american accent в первом варианте What + you сливаются таким образом, что t становится какбы как русская р по звучанию (естественно, без rolled).