В чем разница между Программирование в компьютерных системах и Программное обеспечение вычислительной техники и автоматизированных систем? На какой лучше?
Зависит не от названия, а учебного заведения и программы. Поинтересуйтесь, какие кафедры есть, какие задачи решаются, какие предметы дают. Лучше там, где интереснее Вам лично, а не какое название лучше.