При сдаче отчета в ПФ постоянно вылезают копейки, тянущие за собой расхождение в рублях, что делать?

Копейки нужно округлять при вводе данных согласно указаниям по заполнению отчетов. Тогда будет все правильно. Подробнее - при уточнении вида отчета.

ничего. расхождение так и будет. в общем отчете - до рубля, в персучете - до копейки.

Корректируйте то + рубль то - рубль.