Почему некоторые банкоматы не умеют выдавать деньги, сумма которых не кратна 500 рублям?

Да, верно. Купюры по 100 рублей разбирают быстрее. Но знаете из-за чего? Из-за неверно настроенного ПО. Лень банкам ПО перенастраивать по потребностям клиентов... и поэтому - большинство банкоматов вместо того, чтобы выдать 700 рублей (500+две по 100) - выдает все 7 штук по 100. Это одна причина - неверно настроенное ПО.

Вторая причина - на многих банкоматах (в Сбербанке точно) появилась функция выбора выдачи номинала - мелкими/крупными... и слово "мелкими" стоит наверху - вот все и жмут кнопочку "мелкими" и хорошо, если только сотни или пятьсотки кончатся, а бывает, что банкомат полный, а там одни 5000-ные и перезагрузить его по правилам нельзя - он в загруженном лимите...