Дочь получила загранпаспорт в Германии, надо ей ставить печать в российский паспорт в МИДе?

И тот и другой паспорт (заграничный и российский, как вы пишите) являются российскими. Только один для удостоверения личности за пределами страны, а второй- внутренний. Печать во внутренний паспорт о выдаче заграничного можно поставить в ФМС РФ по приезду домой. Но отсутствие данного штампа не является противопоказанием к выезду за границу