что делать если при запуске файла exe выдаёт выбор программ по умолчанию?

нарушена ассоциацию файлов, скорее всего .exe а может и не только.
Восстановить можно утилитой от каспера (только качать .com или .pif, .exe не запустится) http://support.kaspersky.ru/viruses/cleanautorun
или рег-файлом отсюда http://www.oszone.net/9914/Restore
если восстановите, дальше тщательная проверка на вирусы и желательно разными инструментами.