Удалить базу данных какого-либо города можно через Пуск -> Панель управления -> Установка и удаление программ. В появившемся списке программ, установленных на Вашем ПК нужно выбрать "Данные ДубльГИС г. Город" (город который Вы хотите удалить) и нажать кнопку "Удалить".
Если база города удалена с компьютера, то сообщение о необходимости обновления появляться не будет, но при этом в окне Центра обновлений в списке нового программного обеспечения будут доступны все неустановленные города и компоненты.
Наталья Волочаева, специалист технической поддержки.
http://2gis.livejournal.com/7036.html?thread=931964