Почему корни слов много и больше следует считать разными морфемами, а слова редко и реже - алломорфами одной морфемы?

потому что в первом случае - в словах неи вообще ничего общего (в морфемном составе)
во втором случае - корень ред- и его разновидность (алломорф) - реж-. проще говоря, это корень с чередующимися согласными.