Что означает размер М6 в диаметре резьбы на сборочном чертеже?

Резьба метрическая, диаметр 6 мм

Это ее внешний диаметр. Т. е. для винта - по верхушкам, а для гайки - по канавкам.

6 это наружный диаметр резьбы или номинальный диаметр резьбы?

Пример м6х16. "М" это тип резьбы, 6 это диметр болта или шпильки, о чем идёт речь. 16 это длинна