можно ли разбить физический диск на диски так ,чтобы система видела только тот диск в котором установлена?

а можно! вопрос - а зачем тогда?

Да можно форматируй в неизвестную файловую систему или поставь Linux

Вопрос: что значит видела. Для посвященных или для всех?
Можно убрать букву с диска, тогда он не будет видеться. Хотя знающий человек может ее опять поставить :)
Это делается в управлении дисками (Администрирование). Правой кнопкой на логическом диске и "Изменить букву" - удалить букву

можно вопрос том что бы сисстема не видело чего? логического устройства? или не могла работать с ним?

Вопрос ЗАЧЕМ??? согласен с Betman. Оптимальный вариант