Что больше: атом или фотон?

Вопрос не корректный.
Все атомы имеют строго определенные размеры.
А размер фотона неопределен в соответствии с принципом неопределенности Гейзенберга. Если это одиночный фотон и мы знаем его частоту (то есть импульс) , то такой фотон размазан по всему пространству, то есть теоретически имеет бесконечные размеры.
В реальности фотоны распространяются в составе волновых пакетов, волновая функция которых такова, что там есть ненулевая вероятность найти фотон любой частоты. То есть имеется разброс по частоте (а значит и по импульсу) . Это приводит к тому, что в соответствии с принципом неопределенности фотоны в волновом пакете локализованы. И вот размер этой локализации может быть и больше размера атомов и меньше размера атомов.
Поэтому вопрос некорректный и однозначного ответа на него нет.