Чем отличаются команды в dos chkntfs и Chkdsk ну по понятнее.

При каждой перезагрузке Windows ядром операционной системы вызывается программа Autochk.exe, которая проверяет все тома, не установлен ли для какого-нибудь из них «грязный» бит. Если «грязный» бит установлен, программа autochk немедленно запускает для этого тома команду chkdsk /f. Команда chkdsk /f проверяет целостность файловой системы и пытается устранить все проблемы с томом. После некорректного завершения работы рекомендуется всегда проверять тома с помощью команды chkdsk, однако в некоторых случаях запуск команды chkdsk после каждого некорректного завершения работы невозможен или нецелесообразен. Команда chkdsk может проверять том несколько часов или даже дней, либо вообще зависнуть в процессе проверки. В таких случаях проверку лучше отложить на более удобное время.

С помощью средства Chkntfs можно указать тома, которые не должны проверяться программой autochk.
Команды chkntfs /x не носят накопительного характера, т. е. выполнение такой команды приводит к переопределению установленных ранее исключений для проверки дисков. В приведенном примере средство chkntfs отменяет проверку программой chkdsk дисков D и E; диск С не проверяется на наличие «грязного» бита.

Принцип действия средства chkntfs заключается в изменении значения параметра BootExcecute, который расположен в следующем разделе системного реестра:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CURRENTCONTROLSET\CONTROL\Session Manager

подробно http://support.microsoft.com/kb/160963/ru