Почему в папке отправленные сообщения одни письма отмечены голубым, а другие синем

Не совсем так.

Непрочитанные письма выделяются жирным шрифтом, а прочитанные - обычным.
Темно-синим же браузер отмечает пройденные ссылки в рамках данной сессии.
Т.е. это письма, в которые Вы заходили именно в этом окне. Естественно они прочитанные