почему в настоящее время в одной и той же среде обитают существуют примитивные и высокоорганизованные животные?

Природное сообщество - совокупность растений, животных, микроорганизмов, приспособленных к условиям жизни на определенной территории, влияющих друг на друга и на окружающую среду. В природном сообществе осуществляется и поддерживается круговорот веществ.
Вот почему

Потому что каждый организм занимает свою экологическую нишу, к которой он прекрасно приспособлен, и не может жить ни в какой другой. Ну, к примеру, какие организмы могли бы занять нишу клубеньковых бактерий или кишечной микрофлоры? А раз есть ниша, пища и энергия, найдётся и тот, кто будет это использовать!