Почему в Биосе одна температура ЦП, а в AIDA64 другая?

На материнской плате есть датчики температуры, в процессоре тоже есть датчики температуры. Эти датчики подключаются к специальной микросхеме. И BIOS, и программы читают данные, которые выдаёт микросхема. Но микросхемы не одни и те же, а разных производителей, разных версий (навскидку: ITE, Winbond, SMsC). Поэтому BIOS показывает более правильные цифры, а программы, которые могут не определить правильно микросхему, могут ошибаться.
Это как с драйвером: винда опознала устройство, но неправильно; или опознала общее название, или вообще не опознала.
И при работе только в BIOS сразу после включения нагрузка на процессор меньше, поэтому температура по сравнению с работой при высоких нагрузках будет ниже.
Обычно на диске от материнки есть программа мониторинга - ей и надо пользоваться.