Именительный падёж, насколько мне известно, после предлогов не употребляется, а все остальные формы существительного "наличие" (в отличие от винительного) от него отличны. Поэтому, полагаю, "в наличии".
Смотря в каком контексте. Правильно: "Нет (в чем? ) в наличии на складе". И правильно "Мы не верим (во что? ) в наличие товара на складе. Все уже украдено до нас. "