Откройте вкладку -Зарплата- на панели функций, и по порядку заполняйте слева направо все документы: Начисление зарплаты - Расчет ИПН и т. д. Если в первый раз заполняете проверяйте автоматически рассчитанные суммы, чтобы наладить правильное исчисление налогов. Если не получается попробуйте найти развернутый ответ на этом сайте
http://www.pro1c-msk.ru/