Отличается тем же, чем, к примеру, история отличается от истории древнего мира или от истории средних веков и т. д.
Лингви́стика (языкозна́ние, языкове́дение; от лат. lingua – язык) – наука, изучающая языки. Этот термин имеет широкое значение –
познание языка и передача результатов этого познания другим людям.
Прикладная лингвистика – это один из разделов языкознания. То есть у этого термина более узкое значение. Прикладная лингвистика изучает прикладные сферы языкознания: письмо (графику) , методику обучения родному и неродному языкам, лексикографию. Перевод, дешифровка, орфография, транслитерация, разработка терминологии - это тоже сферы изучения прикладной лингвистики.
Функциональная лингвистика – совокупность школ и направлений, возникших как одно из ответвлений структурной лингвистики, для которых характерно преимущественное внимание к функционированию языка как средства общения.
Структурная лингвистика Таким образом, лингвистика – это то общее понятие, которое вбирает в себя массу других, частных понятий, среди которых и такие разделы, как теоретическая лингвистика, прикладная лингвистика и пр. (смотрите по первой гиперссылке) , а также "совокупность воззрений на язык и методов его исследования", включающая структурную лингвистику (смотрите материал по третьей гиперссылке) и функциональную лингвистику как часть структурной (смотрите вторую гиперссылку).