чем отличается красный молотый перец и черный молотый? и вчем заключается разница применения?

Наоборот, общее у них - только название, более того - только русское название.
Перец чёрный (Piper nigrum), один из видов рода перца (Piper) семейства перечных. Родина - Индия.
Перец красный острый (пе́рец чи́ли, го́рький пе́рец) — высушенные плоды определённых сортов тропического полукустарничка Capsicum frutescens или Capsicum annuum, пряность, имеющая жгучий вкус. ПЕРЕЦ (Capsicum), род полукустарников, кустарников или многолетних трав семейства паслёновых, овощная культура. В диком виде встречаются в тропич. р-нах Америки.