У остатка фосфорной кислоты в молекуле ДНК химическая формула H2PO4?

Да.

если брать именно ДНК (то есть полимер) , то странно звучит сам вопрос. Но если брать сам остаток фосфорной кислоты, то он стоит между двумя остатками дезоксирибозы, значит образует две эфирные связи, значит лишен двух атомов водорода. Итого НРО4. Н2РО4 - остаток фосфорной кислоты в мононуклеотиде.